H ομοτοξικολογία βρίσκεται στα όρια ανάμεσα στην ομοιοπαθητική και την κλασσική ιατρική ή αλλοπαθητική, όπως την αποκαλούν οι ομοιοπαθητικοί. Αυτό γιατί, ενώ χρησιμοποιεί σκευάσματα που βασίζονται στην ομοιοπαθητική, χρησιμοποιούνται με μη ομοιοπαθητικό τρόπο.

Τα σκευάσματα που χρησιμοποιούνται στην κλασσική ομοιοπαθητική ιατρική προέρχονται από μία πηγή, για παράδειγμα το μαγειρικό αλάτι που χρησιμοποιούμε στο σπίτι. Ξεκινώντας από ένα διάλυμα που περιέχει αλάτι και νερό και μετά από διαδοχικές αραιώσεις και ανακινήσεις (η διαδικασία ονομάζεται δυναμοποίηση) φτάνουμε στο τελικό σκεύασμα που παίρνει το όνομά του από την αρχική ουσία στα λατινικά (άρα Natrium muriaticum) και τον αριθμό τον δυναμοποιήσεων (π.χ. 12 CH για 12 φορές δυναμοποίηση με την εκατοστιαία μέθοδο, C=1:100 και H=Hahnemann).

Τα σκευάσματα που χρησιμοποιούνται στην ομοτοξικολογία είναι συνδυασμοί μεμονωμένων σκευασμάτων που χρησιμοποιούνται στην κλασσική ομοιοπαθητική. Έτσι, στο προηγούμενο παράδειγμα μπορεί να υπάρχει σκεύασμα με Natrium muriaticum με πολλές δυναμοποιήσεις συνδυασμένες (6 CH, 7 CH, 9 CH, 12 CH κ.τ.λ.) ή ακόμα και συνδυασμοί διαφορετικών σκευασμάτων (Natrium muriaticun και Natrium carbonicum και Nux vomica κτλ).

Η σημαντικότερη διαφορά στην ομοτοξικολογία είναι το πλαίσιο χρήσης αυτών των σκευασμάτων, αφού ο τρόπος επιλογής των σκευασμάτων δεν έχει καμία σχέση με αυτόν της κλασσικής ομοιοπαθητικής (το ομοιοπαθητικό ιστορικό), αλλά βασίζεται στη διάγνωση όπως γίνεται από την κλασσική ιατρική ή βασισμένη σε ένα ή περισσότερα συμπτώματα. Δηλαδή, για πονοκέφαλο (που δεν είναι ιατρική διάγνωση, αλλά σύμπτωμα) προτείνονται κάποια σκευάσματα της ομοτοξικολογίας για την αντιμετώπισή του, αλλά και για διάγνωση καρδιακής ανεπάρκειας προτείνονται κάποια σκευάσματα. Η επιλογή των κατάλληλων σκευασμάτων στην ομοτοξικολογία είναι εύκολη και για ήπιες ή αυτό-ιάσιμες παθήσεις μπορούν εύκολα να γίνουν από τον ίδιο τον ασθενή χωρίς την συμβουλή ιατρού (αν και κάτι τέτοιο δεν το προτείνω!).

Ο τρόπος επιλογής των σκευασμάτων είναι τέτοιος, που επιτρέπει την εύκολη εκτέλεση κλινικών ερευνών με τον τρόπο που έχουν συνηθίσει να την κάνουν οι κλασσικοί νοσοκομειακοί ιατροί. Το ενδιαφέρον είναι ότι, παρά τις αντιρρήσεις τόσο των κλασσικών ιατρών όσο και των κλασσικών ομοιοπαθητικών, η αποτελεσματικότητα στις μελέτες είναι αδιαμφισβήτητη.

Συνεπώς, η ομοτοξικολογία είναι μία θεραπευτική που έχει θέση τόσο στο σπιτικό φαρμακείο, στο ιατρείο όσο αλλά και στο νοσοκομείο.